Organisatie
Het programmabureau, ook wel Linieteam is verantwoordelijk voor de uitvoering van het programma Nieuwe Hollandse Waterlinie. Het bestuur van de Nieuwe Hollandse Waterlinie wordt gevormd door de Liniecommissie. Voorbereiding voor de Liniecommissie vindt plaats in het Linieteam en het opdrachtgevers overleg.
De Taskforce UNESCO is verantwoordelijk voor de UNESCO nominatie. Hierin wordt samengewerkt met het Rijk en het projectbureau Stelling van Amsterdam. Voor ongevraagd en ongevraagd advies aan de Liniecommissie over ruimtelijke ontwikkelingen is er het Kwaliteitsteam. Het Kenniscentrum Waterlinies biedt historische informatie over de waterlinies in Nederland.
Regionale samenwerking
Binnen de provincies zij er regionale samenwerkingsverbanden met de partners voor het beschermen en uitdragen van de Nieuwe Hollandse Waterlinie. In het pact van Ruigenhoek werken alle partners in de provincie Utrecht samen en in het pact van Loevestein zijn het de partners in de provincies Gelderland en Noord-Brabant. In Noord-Holland werkt de provincie samen met de partners van zowel het Nieuwe Hollandse Waterlinie deel als de Stelling van Amsterdam.